Ботаника
Ботаническая коллекция, насчитывающая в настоящее время более 20 ООО единиц хранения, имеет огромное научное и историческое значение. Ее формирование началось с первых лет работы музея. Первыми коллекторами, от которых поступили первые гербарные образцы, были А.Ф. Минаев, И.Т. Савенков, Горбунов (инициалы неизвестны).
Большую научную ценность имеет систематическая коллекция растений. География сборов охватывает огромную территорию от Крайнего Севера до Тувы. Период с 1890 по 1920-е годы – это период активного накопления сведений о флоре тогда еще Енисейской губернии. Он позволил создать научную базу, в результате чего музей стал центром изучения флоры и растительности региона. К числу основных коллекторов можно с полным правом отнести Н.М. Мартьянова, М.Г. Юдину, А.Я. Тугаринова, А.П. Ермолаева, B.C. Титова, А.Л. Яворского, Е.О. Яковлева.
Хозяйственная деятельность человека, экономический рост страны требовали всестороннего изучения природно-ресурсного потенциала Сибири. Так, в начале 1960-х годов были проведены тщательные и планомерные сборы гербарного материала Л.А. Яковидес в зоне затопления Красноярской ГЭС. Освоение Таймыра и Эвенкии позволило получить с этих территорий гербарий в 1960-е годы. С формированием Таймырского заповедника ботанические фонды пополнились гербарным материалом с самых северных лесов мира - Ары-Маса. В 1970-2000-е годы фонд регулярно дополнялся сборами из разных районов Красноярского края сотрудниками отдела естественной истории: Бондаренко Т.С., Гореловой А.К., Тресковой Л.Н и др.
Ботаническая коллекция музея представлена не только цветковыми растениями, но и включает голосеменные растения, высшие споровые (мхи, плауны, хвощи, папоротники) и низшие растения (лишайники). Есть коллекция гербария грибов, а также прекрасно выполненные муляжи.
Общий гербарный фонд насчитывает около 30 тыс. экземпляров, сосудистые растения, относящиеся к 110 семействам, представлены более 25 тыс. гербарных листов. В Гербарии хранятся и виды, новые для Средней Сибири, некоторые из них сравнительно недавно описаны и опубликованы для региона. Особого внимания заслуживают растения, занесенные в Красную книгу (РФ и Красноярского края), их в Гербарии насчитывается 107 видов.
Гербарный фонд музея всегда привлекал внимание крупных ученых. Значительное количество ботанического материала определено видными учёными-ботаниками, российскими и зарубежными. В обработке гербария высших растений приняли участие P.P. Поле (Императорский Ботанический сад, СПб), П.Н. Крылов (Томск), Л.М. Черепнин (Красноярск): в обработке мхов –биолог В.Ф. Бротерус (Хельсинки, Финляндия), в обработке лишайников – А.А. Еленкин (Москва) и другие.
В период экологического кризиса работа ботаников приобретает особую ценность. Без фундаментальных исследований растительного покрова края невозможно дать экологический прогноз состояния природы и принять оптимальное решение по ее восстановлению. Гербарные фонды музея помогли ученым-ботаникам обобщить имеющийся материал, который лег в основу фундаментальных научных трудов (Л.М. Черепнин, «Флора юга Красноярского края»; И.М. Красноборов, Л.И. Кашина и др. - «Определитель растений юга Красноярского края», «Флора Сибири»). Сегодня сибирские ученые используют музейный гербарий в работе, связанной с изданием «Флоры Красноярского края» и «Красной книги Красноярского края».
Ботаническая коллекция используется учёными не только в фундаментальных исследованиях, но применяется и в сфере образования. Для этого сотрудниками музея создан дидактический материал в виде обучающих тематических коллекций: «Морфология растений», «Лекарственные и ядовитые растения», «Кормовые растения», «Растения пастбищ», «Болезни и повреждения растений» и др. Эти коллекции полезны не только школьникам, но и работникам сельского хозяйства, медикам. Сейчас коллекции востребованы учителями общеобразовательных школ во внеурочной работе с детьми.
В марте 2019 года Международная база гербарных коллекций мира Index Herbariorum New York Botanical Garden присвоила постоянный уникальный идентификатор Гербарию Красноярского краевого краеведческого музея. Акроним Гербария – KRM (Krasnoyarsk Regional Museum).
Гербарный образец (сбор А.Я. Тугаринова, определение П.Н. Крылова)
Гербарный образец Венериного башмачка, собранный и оформленный А.Я. Тугариновым
Красная книга Красноярского края. Редкие и находящиеся под угрозой исчезновения виды дикорастущих растений и грибов
Научные труды при написании которых сибирские ученые использовали гербарные фонды КККМ
Полевая этикетка гербарного сбора А.Я. Тугаринова
Полевая этикетка к гербарному образцу (сбор А.Я. Тугаринова, определение П.Н. Крылова)
Полевая этикетка одного из первых гербарных образцов музея
Н.М. Мартьянов (1844-1904)
П.Н. Крылов (1850-1931)
А.Л. Яворский (1889-1977)
Л.М. Черепнин (1906-1961)
И.М. Красноборов (1931-2011) 
Л.И. Кашина
А.К. Горелова
И.И. Гончарова
